Hiriaren erdialdean kokaturik, Donostiako tren-geltokia, Iparraldeko Geltokia izenaz ezaguna, estatuko hiri kopuru handi batekin konektatuta dago, eta horien artean daude Madril eta Bartzelona, eta baita nazioarteko helmugak ere, hala nola Paris eta Lisboa.
Donostiako trenbide bidezko sarrerak eta irteerak askoz azkarragoak izango dira abiadura handiko tren berriari esker, etorkizun hurbil batean hiria zenbait helmugarekin konektatuko baitu.
Hiriak badu, gainera, Metro Donostialdea, bide estuko trenbide-sare bat Bilborekin eta Euskal Kostaldeko zenbait hirirekin konektatua, hala nola Zarautzekin, eta baita Hendaiarekin lotzen duen linea bat ere, herrian “Topo” izenaz ezagutzen dena.